HSVウイルスとは、ヒトヘルペス科ウイルスα亜科に属しているDNAウイルス約152kbpの2本鎖で、直径は約150～200nmほどしかないのです。増殖するサイクルがとても速く、その後神経節で潜伏感染する性質を持っているのです。アシクロビルが作用することは、HSVの持つチミジンキナーゼによって、アシクロビルがリン酸化されてウイルスのDNA鎖に取り込まれることで、DNA鎖を伸長反応することを止めることで、ウイルス増殖を抑えることにあります。
HSV にはHSV-1とHSV-2のふたつが存在し、約50%もこのふたつのウイルス間のDNAの相同性はあるのです。制限酵素パターンやその他の免疫学的手法、分子生物学的手法を用いて区別することが可能でありますす。HSV‐1は主に皮膚、粘膜に感染したHSVは知覚神経の軸索輸送により神経節へと運ばれ、潜伏感染状態に入ます。そして顔面に、HSV-2は主に外陰部に病巣を形成する。ですので、HSV-2 は腰髄、仙髄神経節領域、HSV‐1 は三叉神経節領域に潜伏感染することが多いのです。
しかし、我が国においてはアメリカに比べてHSV-1 による性器ヘルペスの頻度がとても高く、新生児ヘルペスの原因ウイルスが、HSV-1とHSV-2 で約2：1 であるといったことでそれを物語っているのです。近年では、アラバマ大学のWhitley氏らや、シカゴ大学のRoizman氏らのグループによって、HSV‐1のγ34.5 遺伝子が神経病原性にも関わりがあることが報告されています。ウイルス粒子内では線状DNAとして活動し、細胞に取り込まれたあとには環状構造をとるのです。
再活性化時は、前初期遺伝子からearly geneの初期遺伝子、そしてlate geneの後期遺伝子へと順に転写が進み、ウイルス粒子として細胞外へ排出されるのです。しかし、性器ヘルペスの再発の頻度としてはHSV-2の方がその確率が高くなっているため、ウイルスの型別診断を行うことはきわめて重要であります。CampadelliーFiumeら氏、Johnson氏、Lee&Fuller氏によってHSVが細胞へ進入するにはenvelope に存在する、糖蛋白glycoprotein D（gD）または、gB が関係していることが報告されていたのです。